موسویان در مصاحبه با روزنامه همشهری، تصمیم پیشاروی جمهوری اسلامی را در خصوص برجام «سومین تصمیم مهم تاریخی در سیاست خارجی» خوانده و ضمن همسنگ قلمداد کردن آن با پذیرش قطعنامه ۵۹۸ گفته است: «از نظر من مهم‌ترین تصمیم سیاست خارجی نظام جمهوری اسلامی در حیات امام‌ پذیرش قطعنامه ۵۹۸ بود که شخص ایشان تصمیم گرفت و همه مسئولیت‌های آن را هم پذیرفت. تصمیمی که به عقیده من موجب حفظ اصل نظام جمهوری اسلامی شد. به‌نظر من در تاریخ رهبری حضرت آیت‌الله خامنه‌ای هم مهم‌ترین تصمیم سیاست خارجی ایران، پذیرش برجام بوده که یک تصمیم اجماعی همه ارکان اصلی نظام همچون مجلس، دولت، شورای امنیت و مقام معظم رهبری بود. اکنون که آمریکا از برجام خارج شده، جمهوری اسلامی در آستانه سومین تصمیم مهم تاریخی خود در سیاست خارجی قرار گرفته است.»

این دیپلمات پیشین ایران نبود «اجماع و وحدت داخلی» را به دلیل اختلافات جناح‌های سیاسی بزرگترین مانع خروج از بن‌بست کنونی برشمرده و اضافه کرده است: «بزرگان نظام باید قبل از هرچیز دراین مورد چاره‌اندیشی کنند؛ حتی به قیمت یک خانه‌تکانی اساسی در دولت یا حتی استعفای دولت فعلی و برگزاری انتخابات زودرس، زیرا استمرار وضع فعلی تا ۲ سال دیگر، ممکن است موجب لطمات غیرقابل جبران شود.» با خروج آمریکا از برجام و در آستانه وضع مجدد تحریم‌ها، سقوط ارزش پول ملی ایران شدت گرفته است و دولت حسن روحانی نیز نتوانسته تا مانع از وخیم‌تر شدن اوضاع اقتصادی شود.

موسویان همچنین درباره امکان بهره‌برداری اقتصادی ایران از برجام بدون حضور آمریکا گفت: «واقعیت این است که مجموع توانایی روسیه و چین و اروپا و سایر قدرت‌های جهانی در تأمین منافع اقتصادی برجامی ایران منهای آمریکا، حداکثر ۵۰ درصد خواهد بود. این ۵۰ درصد هم درصورتی تحقق خواهد یافت که ایران بتواند مشکلات مدیریتی داخلی نظام اقتصادی خود را حل کند. اینکه بعد از خروج آمریکا از برجام، شاهد سقوط وحشتناک ارزش پول ملی ایران بوده‌ایم، بخش عمده آن به‌خاطر آشفتگی‌های نظام اقتصادی داخلی ایران است؛ ازجمله آشفتگی‌های روانی، فساد، قاچاق، رانت‌خواری، معضلات سیستم بانکی داخل و ناهماهنگی‌های بین ارکان اصلی کشور و مشکل مدیریتی.»

سید حسین موسویان در زمان دولت اصلاح‌طلب محمد خاتمی، معاونت حسن روحانی در دبیری شورای عالی امنیت ملی حسن روحانی را بر عهده داشت و عضو هیئت مذاکرات هسته‌ای ایران بود. او سپس به معاونت مرکز تحقیقات استراتژیک رسید. موسویان از سال ۱۳۹۲ در آمریکا به سر می‌برد.